В 1941 году в состав собрания Воронежского музея изобразительных ис кусств (так он тогда назывался) входило 16 тысяч экспонатов. Учреждение культуры пользовалось большой популярностью среди воронежцев, и даже после начала войны музей продолжал работу с посетителями. Для сохранения части музейной коллекции было найдено подвальное помещение в непосредственной близости от основного здания. Туда были перенесены ящики с наиболее ценными картинами. В августе-сентябре 1941 года работала выставка «Война в произведениях искусства». Когда объявляли тревогу, сотрудники и посетители спускались в бомбоубежище под библиотекой, которая занимала часть здания. С начала октября 1941 года работа прекратилась – началась подготовка к эвакуации. 

Сразу возникли трудности. Музейные работники для транспортировки коллекции запросили пять вагонов, но было предоставлено всего два. Таким образом удалось вывезти более 14 тысяч предметов. В городе оставалось 1 232 экспоната, включая собрание икон, коллекцию плакатов, живописные работы Натальи Гончаровой, Казимира Малевича, Василия Кандинского, Роберта Фалька. Вторым эшелоном ценности эвакуировать не удалось, и они оказались утрачены навсегда. 

Эвакуацией большей части экспонатов активно занимался заместитель директора музея по науке Леонид Афанасьев. 

«Только в первых числах октября удалось добиться решения об эвакуации ценностей музея, проявить в этом отношении личную инициативу, тем более что директора мобилизовали на войну, – писал позднее в своих воспоминаниях Леонид Митрофанович. А я с утра до поздней ночи, а иногда и ночью, неся дежурство, иногда по 8 ночей подряд, укладывал всё ценное, иногда за плотника мастерил ящики, ломал для них стеллажи, витрины и шкапы…». 

Сохранение культурных ценностей требовало от работников музея героических усилий и самоотверженности.

«Была зима. Путь был долгим 80 дней провели в вагонах, – делился впечатлениями Афанасьев. – А я ни одной ночи не спал, ибо поддерживал огонь в печке, чтоб не замёрзнуть. А днём поиски хлеба, топлива, провизии, ведь больше стояли на станциях, а иногда за несколько километров от них. Только в середине января в суровый зимний вечер прибыли в далёкий Омск». 

Во время пребывания в эвакуации, помимо охраны экспонатов, надо было периодически вскрывать ящики, проверять состояние картин. Распоряжение вернуть музей в Воронеж пришло в августе 1945 года.

 Первоначально культурные ценности разместили в Покровском соборе. Вскоре для коллекций выделили помещения областной партшколы (здание по адресу: ул. Орджоникидзе, 39). К 7 ноября 1945 года здесь была развернута первая послевоенная выставка, в которую вошли полотна Крамского, Брюллова, Репина, Шишкина и других художников. 

«С утра до вечера в зале толпились люди, – описывал события Леонид Афанасьев. – Все хотели воочию убедиться, что музей не погиб. Что он вернулся и живет, спасённый и возрождённый».